Dzieje parafii Szpetal Górny są ściśle związane z dawną parafią św. Gotarda w Szpetalu Dolnym, czyli Zawiślu, która została erygowana w XIV w. Do Szpetala Górnego przeniesiono parafię w 1816 r. Zostało to spowodowane spaleniem dotychczasowego kościoła św. Gotarda w Szpetalu Dolnym na początku XIX w. oraz ukończeniem w Szpetalu Górnym nowej świątyni pw. św. Józefa, wzniesionej w latach 1808–1809 przez dziedzica dóbr szpetalskich, Mariana Rutkowskiego. Świątynia ta, w stylu klasycystycznym, z cegły, otynkowana, została zaprojektowana prawdopodobnie przez architekta M. Szpikowskiego.
Parafia Szpetal Górny w 1818 r. została włączona do diecezji płockiej, należąc najpierw do dekanatu bobrownickiego, a od roku 1864 do dekanatu lipnowskiego. Powróciła do diecezji włocławskiej w 1925 r.
Nowa świątynia szpetalska została konsekrowana w 1815 r. Nie ma wiadomości źródłowych o jej losach, wyposażeniu i konserwacji w XIX w.
Spalona przez Niemców w 1945 r., tak iż pozostały same tylko mury. Odbudowana w latach 1946–1947 i konsekrowana 19 października 1947 r. przez biskupa włocławskiego Karola Radońskiego. W latach następnych otrzymała nowe wyposażenie wnętrza.
W 1999 r. przeprowadzono konserwowację stropu. Polichromia autorstwa Zygmunta Klaryski, z 1977 r., odnowiona w 1996 r. Ołtarz marmurowy, posadzka z terakoty. Organy sprawiono w 1955 r., a w 1980 r. nowe meble. W 1991 r. na wieży założono konstrukcję stalową i na niej zawieszono trzy dzwony: „Józef”, „Barbara”, „Anioł”.
W latach 2008–2011 rozbudowano świątynię i przeprowadzono gruntowny remont starej zabytkowej części świątyni.
W 2008 r. odwodniono kościół, osuszono ściany i założono izolację pionową w zabytkowej części oraz zbudowano nową część świątyni (postawiono mury, założono więźbę dachową i konstrukcję sufitu, dach pokryto blachą miedzianą).
W 2009 r. w dobudowanej części odtworzono prezbiterium (nowy ołtarz marmurowy i krucyfiks), natomiast w zabytkowej wymieniono wszystkie okna, przeprowadzono generalny remont wieży, pokryto dach blachą miedzianą, wykonano elewację zewnętrzną, podwieszono nowy sufit, założono gazowe ogrzewanie podłogowe, wymieniono instalację elektryczną, zamontowano nowe ławki i założono 18 witraży. Odrestaurowano figury: Najświętszego Serca Pana Jezusa i św. Józefa oraz obrazy: Matki Bożej Nieustającej Pomocy i „Jezu, ufam Tobie”.
W 2010 r. zainstalowano nową ambonę w prezbiterium i położono posadzkę marmurową w całej świątyni. Zainstalowano miejsce przewodniczenia oraz nową mensę ołtarza.
W 2011 r. założono trzy żyrandole oraz nowe tabernakulum, nowe nagłośnienie, zakupiono meble do prezbiterium oraz przeprowadzono generalny remont organów.
W latach 2012–2013 zamontowano nową drogę procesyjną wokół kościoła z kostki brukowej oraz zbudowano nowy parking przy kościele.
W 2014 r. powstało nowe malowidło na suficie w prezbiterium „Święta Rodzina”.
W dniu 4 X 2015 r. odbyło się uroczyste poświęcenie nowej części świątyni, którego dokonał bp Wiesław A. Mering.
W latach 2017-2021 odnowiono elewację zewnętrzną kościoła, odrestaurowano zabytkową część kościoła, przeprowadzono marmoryzację i pomalowano nową część kościoła, naniesiono malowidła w prezbiterium z wizerunkami św. Jana Pawła II i bł. kard Stefana Wyszyńskiego
Kościół filialny: pw. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny w Witoszynie – zbudowany w 1957 r.
Kaplica publiczna: w Domu Pomocy Społecznej „Na Skarpie”.
W każdej wiosce znajdują się krzyże przydrożne. W miejscowości Uniechowo krzyż metalowy osadzony na kamieniu, z roku 1890. Przy kościele parafialnym znajduje się pomnik upamiętniający odzyskanie niepodległości 1918–1920.